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禅宗は座禅を組み、自己と向き合って自身の本質を追求し、お悟りを求める宗派です。
一般的に百八玉の本式数珠を使いますが、特に決まり事や作法に規定はありません。
禅宗用を持つ場合は、二輪にして手にかけ左手の親指と人指し指の間にかけて合唱します。
曹洞宗の本式数珠には金属の輪（環）がついていて、臨済宗用にはついていませんので、そこで見わけをつけます。

浄土宗は念仏を唱える宗派で数珠はかかせません。数珠の特徴は二つの輪を一つに繋いだような形状をしています。
僧侶が使う数珠を荘厳数珠と呼び、一般的に使われるのを日課数珠と呼びます。
数珠を持つ場合は、両親珠を左中指にかけて、房は外に出し薬指と小指の間に挟み合唱します。

真言宗は数珠の珠を重要視しています。
百八の珠すべてが仏様を表しており、その数珠をすることで百八の煩悩をすり砕き、百八菩提の清浄な光明を磨きだす意味があるとされています。
数珠を持つ場合は、数珠を両手の中指にかけて、そのまま合唱します。

86玉〜108玉の主玉を連ねた念珠を二重にして用いる二輪念珠と33〜38玉の主玉で作られた一輪念珠のいずれも正式とされています。
二輪念珠の場合、片方の下がりに蓮如結びという特殊な結びを用いています。

扁平な平玉(ソロバン玉のような形)が特徴です。
主玉：108個、親玉：1個、四天玉：4個で構成され、親玉から連なる房には、20の平玉と10の丸玉が付いています。

長い一連の珠数に四十一個の下がり玉の付いた菊房というのが一般的です。